Управление Автономной некоммерческой профессиональной образовательной организации "Автомобилист-63" (АНПОО «Автомобилист-63») осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации и Уставом АНПОО «Автомобилист-63» на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
АНПОО «Автомомбилист-63» структурных подразделений не имеет.
Высшим органом управления Организацией является общее собрание учредителей Организации.
Постоянно действующим исполнительным органом Организации является Директор, назначаемый Собранием Организации, сроком на пять лет.
Директор: Уйбо Андрей Кузьмич
В целях развития и совершенствования учебно-воспитательного процесса, повышения профессионального мастерства и творческого роста преподавателей в Организации действует коллективный методический орган управления, объединяющий педагогических работников Организации - Педагогический совет.
В целях защиты прав и интересов, а также учета мнения работников по вопросам управления Организацией и при принятии Организацией локальных нормативных актов, затрагивающих их права и законные интересы, в Организации действует Общее Собрание работников Организации и обучающихся.